Román Múzeum nevinnosti predstavuje ľúbostný príbeh muža Kemala z bohatej rodiny, zasnúbeného s dievčaťom z rovnakej vrstvy, ktorý sa zamiluje do vzdialenej príbuznej, stojacej spoločensky nižšie.
Po viacerých dramatických zvratoch a uplynutí dlhého času sa nakoniec môžu vziať, ale zasiahne osudová náhoda a príbeh sa končí tragicky. Kemal prežije a založí múzeum zo všetkého, čo mu jeho veľkú lásku pripomína. Aj Istanbul, veľmi staré mesto, akoby tu bolo múzeom samého seba z lepších čias, ktoré zažilo. Možno za Atatürka, možno ešte za Osmanskej ríše. No viaceré vrstvy jeho obyvateľstva túžia po identifikovaní sa so západom.